在體系生物學(xué)和合成生物學(xué)技術(shù)應用層面，傅鵬程團隊在國際上首先建立了藻類(lèi)基因組尺度的數學(xué)模型，能夠正確展望細胞代謝過(guò)程，據此構建生產(chǎn)乙醇的細胞工廠(chǎng)，開(kāi)發(fā)光合微生物藍藻工程菌生產(chǎn)生物燃料的新技術(shù)和新工藝，通過(guò)該模型申請了多項美國專(zhuān)利及世界專(zhuān)利，近5年在相關(guān)領(lǐng)域發(fā)表了近50篇高水平研究論文。

目前主要從事藻類(lèi)生物學(xué)與生物技術(shù)研究。與寶源生物合作開(kāi)展微藻類(lèi)綠色農業(yè)投入品的開(kāi)發(fā)與應用研究工作，以微藻資源為基礎，開(kāi)發(fā)以微藻培養液為核心的菌藻制劑及菌藻功能性肥料產(chǎn)品，促進(jìn)肥料生產(chǎn)和應用技術(shù)的升級。